2026年7月1日，科大举行升旗仪式，庆祝中华人民共和国香港特别行政区成立29周年。这场庄严而隆重的仪式由国旗护卫队进行，除了加强国民身份认同与个人成长，亦见证科大及科大（广州）校园携手合作、两地一心的精神。
35位来自清水湾及广州校园的学生、校友组成的联合国旗护卫队，负责在中央广场升起国旗、区旗及科大校旗，正好呼应今年科大成立35周年的里程碑。
出席仪式的嘉宾包括科大副监督陈祖泽博士、校董会主席沈向洋教授、校长叶玉如教授、科大（广州）校长倪明选教授、科大校董会副主席施熙德女士、大学司库姚建华先生，以及中华人民共和国外交部驻香港特别行政区特派员公署发言人， 兼新闻及公共关系部主任黄景睿参赞。
为完成这次仪式，队员们勤奋投入、尽心尽责地筹备与训练，背后付出了不少牺牲与努力。来自科大（广州）的本科一年级生向天宜表示，最大的挑战首先是时间协调。
她说∶「两支队伍为了这次升旗，密集集训了超过半个月。暑假期间不少同学已有暑校、出行等个人安排，但为此大家都主动抽出私人时间参与训练。」
其次，她指地域距离亦带来不便∶「广州队员需要往返清水湾集中训练，路途奔波相当劳累，加上训练期间时常遇上雨天，的确带来不少考验。」
清水湾队伍的科大工业工程及决策分析学系博士二年级生汪亦葛认为，筹备过程中最困难的地方在于跨校园协作。他表示∶「为了确保表现完美， 双方队员都曾前往对方校园，共同训练及交流经验，大家都付出了极大努力。」
他并指整齐的步操动作并非一朝一夕可以达成：「两支队伍需要彼此高度配合，不断调节踢腿和摆臂的高度与速度，才能统一大家动作的标准。」
向天宜对这次活动也感受至深∶「升旗仪式恰逢建党节、香港特别行政区成立29周年，而今年也是科大建校35周年，多重特殊意义交织，让这次升旗格外庄重珍贵。两校区的队员历经反复训练与磨合，圆满地完成了任务，能够成为35名队员之一，并执行这次重要的任务，我倍感荣幸与自豪 !」
科大国旗护卫队成立于2025年，现时在清水湾校园及广州校园皆设有分队。除日常升旗训练外，亦定期举办交流、参观、团队建设及国情研习等活动。
由八名科大学生组成的升旗队伍在今年4月12日，首度参与香港青少年军总会主办的「全民国家安全教育日香港青少年军升国旗比赛」，即凭出色表现勇夺「正步组」银牌及「齐步组」铜牌。
