2026年7月1日，科大舉行升旗儀式，慶祝中華人民共和國香港特別行政區成立29周年。這場莊嚴而隆重的儀式由國旗護衛隊進行，除了加強國民身份認同與個人成長，亦見證科大及科大（廣州）校園攜手合作、兩地一心的精神。
35位來自清水灣及廣州校園的學生、校友組成的聯合國旗護衛隊，負責在中央廣場升起國旗、區旗及科大校旗，正好呼應今年科大成立35周年的里程碑。
出席儀式的嘉賓包括科大副監督陳祖澤博士、校董會主席沈向洋教授、校長葉玉如教授、科大（廣州）校長倪明選教授、科大校董會副主席施熙德女士、大學司庫姚建華先生，以及中華人民共和國外交部駐香港特別行政區特派員公署發言人， 兼新聞及公共關係部主任黃景睿參贊。
為完成這次儀式，隊員們勤奮投入、盡心盡責地籌備與訓練，背後付出了不少犧牲與努力。來自科大（廣州）的本科一年級生向天宜表示，最大的挑戰首先是時間協調。
她說︰「兩支隊伍為了這次升旗，密集集訓了超過半個月。暑假期間不少同學已有暑校、出行等個人安排，但為此大家都主動抽出私人時間參與訓練。」
其次，她指地域距離亦帶來不便︰「廣州隊員需要往返清水灣集中訓練，路途奔波相當勞累，加上訓練期間時常遇上雨天，的確帶來不少考驗。」
清水灣隊伍的科大工業工程及決策分析學系博士二年級生汪亦葛認為，籌備過程中最困難的地方在於跨校園協作。他表示︰「為了確保表現完美， 雙方隊員都曾前往對方校園，共同訓練及交流經驗，大家都付出了極大努力。」
他並指整齊的步操動作並非一朝一夕可以達成：「兩支隊伍需要彼此高度配合，不斷調節踢腿和擺臂的高度與速度，才能統一大家動作的標準。」
向天宜對這次活動也感受至深︰「升旗儀式恰逢建黨節、香港特別行政區成立29周年，而今年也是科大建校35周年，多重特殊意義交織，讓這次升旗格外莊重珍貴。兩校區的隊員歷經反復訓練與磨合，圓滿地完成了任務，能夠成為35名隊員之一，並執行這次重要的任務，我倍感榮幸與自豪 !」
科大國旗護衛隊成立於2025年，現時在清水灣校園及廣州校園皆設有分隊。除日常升旗訓練外，亦定期舉辦交流、參觀、團隊建設及國情研習等活動。
由八名科大學生組成的升旗隊伍在今年4月12日，首度參與香港青少年軍總會主辦的「全民國家安全教育日香港青少年軍升國旗比賽」，即憑出色表現勇奪「正步組」銀牌及「齊步組」銅牌
